【お知らせ】メンテナンスが終了しました (2018/05/22)

2018/11/1: 所属が変わりました


本日より,筑波大学 重田研究室に異動になりました。今後ともよろしくお願い致します。

論文が出版されました


Authors:Hiroaki Nishizawa, Hisashi Okumura
Title:Rapid QM/MM Approach for Biomolecular Systems under Periodic Boundary Conditions: Combination of the Density-Functional Tight-Binding Theory and Particle Mesh Ewald Method
Journal:J. Comput. Chem., 37 (2016) 2701–2711
doi:10.1002/jcc.24497
Abstruct:

Density-functional tight-binding (DFTB)法に基づいたQM/MM理論は化学反応を詳細に解析するのに有用なツールである。本研究ではDFTB/MMとparticle mesh Ewald (PME)を組み合わせた,効率的なQM/MM理論の開発を行う。DFTB計算で必要となるFock行列をPMEを用いて解析的に求めることで,Coulomb項を高速に計算可能となった。本手法の検証のため,アミロイドβの1番から16番の残基からなるフラグメント2本と亜鉛イオンを含む系に対して,周期境界条件下でのDFTB/MM計算と分子動力学計算を行った。従来のEwaldの方法を用いた場合に比べて,Coulomb項の計算が精度を落とすことなく,166.5倍高速化された。

ご不明な点は,学会会場などでご質問ください。

投稿論文がJCCの表紙に選定されました


"Journal of Computational Chemistry, Volume 37, Issue 31" に掲載されています。

J. Comput. Chem., cover image

【終了】第58回分子科学若手の会 夏の学校


会期:2018年8月20日 (月)–24日 (金)
会場:ふじのくに千本松フォーラム「Plaza Verde」
詳細:http://www.ymsa.jp/

参加者の皆様,お疲れ様でした。

第二分科会参加者用 特設ページこちらから(終了)

なにやら講師をするようです。

西澤宏晃, "大規模分子の凝集シミュレーション計算手法"

申し込みは5月31日 (木)までのようです。

【終了】第56回日本生物物理学会年会


会期:2018年9月15日 (土)–17日 (月)
会場:岡山大学 津島キャンパス
詳細:https://www2.aeplan.co.jp/bsj2018/

講演に足を運んでくださった皆様,ありがとうございました。

講演は以下の通りです。

Hiroaki Nishizawa, Hisashi Okumura, "QM/MM analysis of the initial aggregation of amyloid-β peptides" (2Pos053)

奥村研究室の講演は以下の通りです。

  • Masataka Yamauchi, Hisashi Okumura, "Isothermal-isobaric replica-permutation molecular dynamics simulation to reveal dimerization process of α-synuclein fragments" (1Pos003)

2017/1/29: PowerPointで波線を描画


とある学会で「パワポで波線ってどう描いてるの?」と聞かれたので,描き方をご紹介。

  1. 手動で描く方法
    1. 適当な等間隔のグリッド線を用意します。
      PowerPointで波線を描画-01
    2. 「挿入」タブの「図形」から「曲線」を選択します。
      PowerPointで波線を描画-02
    3. 左から順に格子点を上下交互にクリックしていって,最後の点でダブルクリックします。
      PowerPointで波線を描画-03
    4. グリッド線を消して出来上がり。
      PowerPointで波線を描画-04

    簡単ですが,めんどくさいことが欠点ですね。

  2. 自動で描く方法

    VSTO, VBA, マクロなどで描画ルーチンを作成してもらえればOKです。プログラムを組むのが面倒だという方は,普段私が利用しているものを上げておくのでこれでよろしければ使ってください。インストールするとパワポのタブに「拡張図形」というのが追加されるので,そこから利用できます。Gauss関数が入っているのはご愛嬌ということで。

    ダウンロード:https://www.nishizawahiroaki.jp/downloads/ExtendedShapes.msi
    (md5: a94f957e233427eeb2d6dae78923cc38)
    必要環境: PowerPoint 2007以上,
    .NET Framework 3.5,
    Visual Studio Tools for the Microsoft Office system 3.0

2018/5/22: メンテナンスが終了しました


システムの大幅変更に伴い,2020年11月30日でサポートが終了するCentOS6からCentOS7へのアップデートを行いました。クライアントサイドとしては何も変わったようには見えないと思いますが...。2,3時間ほどで終わるだろうと思っていたのですが,設定方法が結構変わっていて総計10時間ほどかかった気がします。メンテナンス中にウェブページを閲覧して頂いた方々にはご迷惑をおかけしました。